Научна активност Института за савремену историју датира из педесетих година 20. века. Под овим именом Институт је основан 31. јануара 1969. одлуком Скупштине ФНРЈ и Савезног извршног већа, којом су спојени Одељење за историјске науке Института друштвених наука основаног 1958. и Одељење за историју југословенског радничког покрета Института за изучавање радничког покрета основаног 1956. године. Ова фузија је представљала израз тежњи да се формирањем научноистраживачког центра који би прекинуо са праксом одвајања изучавања грађанске историје од истраживања историје радничког покрета, институционализује научно истраживање савремене историје. Од оснивања до данас ИСИ није мењао име, локацију и предмет научног интересовања, што га чини јединственом научном институцијом у овом делу Европе. Институт је смештен на четвртом спрату некадашње зграде Привилеговане аграрне банке, подигнуте 1934. према пројекту браће Крстић, где се и данас налази. Реорганизацијом научних институција СФРЈ, у склопу преношења савезних ингеренција на републичке, новоосновани Институт 1977. постао је установа Републике Србије.

Предмет рада ИСИ било је изучавање историје 20. века, посебно историје Југославије од њеног настанка до садашњих дана, њеног унутрашњег развоја и спољнополитичког положаја, као и изучавање методологије научног и стручног рада у историографији.У складу са тадашњом концепцијом. Институт за савремену историју се бавио историјом радничког покрета и Комунистичке партије, али је истовремено поставио темеље за институционално проучавање најновије историје, у време када су институције тог имена и усмерења биле реткост у светским размерама.

Распадом СФРЈ рад Института за савремену историју није прекинут, премда је неповољна политичка, друштвена и материјална ситуација у земљи довела до смањења броја запослених.

Сходно реорганизацији научног истраживања у складу са политиком Министарства науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије кроз увођење институционалног финансирања, научни рад ИСИ реализује се преко програма институционалог финансирања уз реализацију многобројних националних, билатералних и међународних научних пројеката.