Naučna aktivnost Instituta za savremenu istoriju datira iz pedesetih godina 20. veka. Pod ovim imenom Institut je osnovan 31. januara 1969. odlukom Skupštine FNRJ i Saveznog izvršnog veća, kojom su spojeni Odeljenje za istorijske nauke Instituta društvenih nauka osnovanog 1958. i Odeljenje za istoriju jugoslovenskog radničkog pokreta Instituta za izučavanje radničkog pokreta osnovanog 1956. godine. Ova fuzija je predstavljala izraz težnji da se formiranjem naučnoistraživačkog centra koji bi prekinuo sa praksom odvajanja izučavanja građanske istorije od istraživanja istorije radničkog pokreta, institucionalizuje naučno istraživanje savremene istorije. Od osnivanja do danas ISI nije menjao ime, lokaciju i predmet naučnog interesovanja, što ga čini jedinstvenom naučnom institucijom u ovom delu Evrope. Institut je smešten na četvrtom spratu nekadašnje zgrade Privilegovane agrarne banke, podignute 1934. prema projektu braće Krstić, gde se i danas nalazi. Reorganizacijom naučnih institucija SFRJ, u sklopu prenošenja saveznih ingerencija na republičke, novoosnovani Institut 1977. postao je ustanova Republike Srbije.

Predmet rada ISI bilo je izučavanje istorije 20. veka, posebno istorije Jugoslavije od njenog nastanka do sadašnjih dana, njenog unutrašnjeg razvoja i spoljnopolitičkog položaja, kao i izučavanje metodologije naučnog i stručnog rada u istoriografiji.U skladu sa tadašnjom koncepcijom. Institut za savremenu istoriju se bavio istorijom radničkog pokreta i Komunističke partije, ali je istovremeno postavio temelje za institucionalno proučavanje najnovije istorije, u vreme kada su institucije tog imena i usmerenja bile retkost u svetskim razmerama.

Raspadom SFRJ rad Instituta za savremenu istoriju nije prekinut, premda je nepovoljna politička, društvena i materijalna situacija u zemlji dovela do smanjenja broja zaposlenih.

Shodno reorganizaciji naučnog istraživanja u skladu sa politikom Ministarstva nauke, tehnološkog razvoja i inovacija Republike Srbije kroz uvođenje institucionalnog finansiranja, naučni rad ISI realizuje se preko programa institucionalog finansiranja uz realizaciju mnogobrojnih nacionalnih, bilateralnih i međunarodnih naučnih projekata.