Institut za savremenu istoriju posebnu pažnju posvećuje saradnji sa tematski srodnim institucijama u zemlji i inostranstvu.
Saradnja sa naučnim, arhivskim, obrazovnim i kulturnim institucijama u zemlji
– Balkanološki institut SANU
– Istorijski institut
– Institut za noviju istoriju Srbije
– Institut za strategijska istraživanja
– Arhiv Jugoslavije
–Državni arhiv Srbije
– Istorijski arhiv Beograda
–Zavod za zaštitu spomenika kulture grada Beograda
– Arhiv Vojvodine, Novi Sad
– Istorijski arhiv „Timočka krajina“ Zaječar
– Istorijski arhiv „Srem“ Sremska Mitrovica
– Istorijski arhiv Užice
– Filozofski fakultet Univerziteta u Beogradu
– Filozofski fakultet Univerziteta u Nišu
– Filozofski fakultet u Kosovskoj Mitrovici
– Narodni muzej
– Muzej Jugoslavije
– Istorijski muzej Srbije
– Muzej grada Beograda
– Narodni muzej Leskovac
– Narodni muzej Šabac
– Narodni muzej Aleksandrovac
–Centar za kulturu „Masuka“, Velika Plana
Međunarodna naučna saradnja sa naučnim i obrazovnim institucijama
– Odeljenje za istoriju Jugoistočne Evrope, Univerzitet u Gracu
– Odeljenje za istoriju, Univerzitet u Perdjuu, Indijana, SAD
– Odeljenje za istoriju, Univerzitet u Novom Meksiku
– Odeljenje za istoriju, Centralnoevropski univerzitet, Budimpešta
– Odeljenje za istoriju, Meiđi univerzitet, Tokijo
– Odeljenje za istoriju Univerziteta Kerni, Nebraska
– Škola slovenskih i istočnoevropskih studija, London
– Uralski državni univerzitet, Ekaterinburg
– Leibniz-Institut für Ost- und Südosteuropaforschung
– Hrvatski institut za povijest, Zagreb
– Institut za savremenu istoriju, Prag
– Istorijski institut Crne Gore, Podgorica
– Institut za novejšo zgodovino, Ljubljana
– Institut za historiju, Sarajevo
– Republički centar za istraživanje rata, ratnih zločina i tražewe nestalih lica, Banja Luka
– Arhiv Republike Srpske
– Filozofski fakultet Pale
– Arhiv srba u Hrvatskoj